Index

A

adjacency() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

analyseWGCNA() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

B

barplotModuleEigenGene() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

C

calBlockSize() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) calculateFraction() (PyWGCNA.comparison.Comparison method) calculateJaccardSimilarity() (PyWGCNA.comparison.Comparison method) calculatePvalue() (PyWGCNA.comparison.Comparison method) CalculateSignedKME() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method) checkAdjMat() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) checkAndScaleWeights() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) checkSets() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) checkSimilarity() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

CoexpressionModulePlot() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method) compareNetworks() (in module PyWGCNA.utils) (PyWGCNA.comparison.Comparison method) compareSingleCell() (in module PyWGCNA.utils) Comparison (class in PyWGCNA.comparison) consensusMEDissimilarityMajor() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) consensusOrderMEs() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) cutree() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) cutreeHybrid() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

F

findModules() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

fixDataStructure() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) functional_enrichment_analysis() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

G

GeneExp (class in PyWGCNA.geneExp) getDatTraits() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method) getGeneList() (in module PyWGCNA.utils) getGeneListGOid() (in module PyWGCNA.utils) getGeneModule() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

getModuleName() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method) getModulesGene() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method) goodGenesFun() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) goodSamplesFun() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) goodSamplesGenes() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

H

hclust() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

I

intramodularConnectivity() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

J

jaccard() (PyWGCNA.comparison.Comparison static method)

L

labels2colors() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

M

mergeCloseModules() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) module PyWGCNA.comparison PyWGCNA.geneExp PyWGCNA.utils PyWGCNA.wgcna

module_trait_relationships_heatmap() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method) moduleEigengenes() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) multiSetMEs() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

O

orderMEs() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

P

pickSoftThreshold() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) plotBubbleComparison() (PyWGCNA.comparison.Comparison method) plotHeatmapComparison() (PyWGCNA.comparison.Comparison method) plotJaccardSimilarity() (PyWGCNA.comparison.Comparison method) plotModuleEigenGene() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method) PPI_network() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method) preprocess() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

PyWGCNA.comparison module PyWGCNA.geneExp module PyWGCNA.utils module PyWGCNA.wgcna module

R

readComparison() (in module PyWGCNA.utils) readWGCNA() (in module PyWGCNA.utils) replaceMissing() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

request_PPI() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) request_PPI_image() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) request_PPI_subset() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) runWGCNA() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

S

saveComparison() (PyWGCNA.comparison.Comparison method) saveWGCNA() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

scaleFreeFitIndex() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method) setMetadataColor() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method) softConnectivity() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

T

TOMsimilarity() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA static method)

top_n_hub_genes() (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

U

updateGeneInfo() (PyWGCNA.geneExp.GeneExp static method) (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

updateSampleInfo() (PyWGCNA.geneExp.GeneExp static method) (PyWGCNA.wgcna.WGCNA method)

W

WGCNA (class in PyWGCNA.wgcna)